W 2006 r. weszła w skład Zarządu Głównego Federacji Caecilianum, w którym od 2014 r. sprawuje funkcję Prezesa Zarządu Głównego. W latach 2006-2014 była członkiem Zespołu Wokalnego Ars Antiqua, z którym w 2008 r.  założyła Towarzystwo Kultywowania Muzyki Chóralnej Ars Antiqua i jako Prezes Zarządu kierowała jego pracami do 2014 roku. Agata Kajak od 2009 r. jest również dyrektorem ogólnopolskiego Festiwalu Muzyki Chóralnej Mater Misericordiae. Dotychczas w konkursie tym wzięło udział ponad 140 zespołów śpiewaczych. W latach 2013-2016 była współorganizatorem Międzynarodowego Festiwalu Chóralnego w Warszawie (gdzie wystąpiły chóry m. in. ze Szwecji, Danii, Norwegii i Polski) oraz cyklu koncertowego Wokół kultury Skandynawii, w których to zespoły skandynawskie i polskie wykonały w warszawskich kościołach ok. 30 koncertów wokalnych i instrumentalno-wokalnych, w tym koncerty oratoryjne - Mszę Koronacyjną W.A. Mozarta, Stworzenie Świata J. Haydna oraz Niemieckie Requiem J. Brahmsa . Agata Kajak jest również aktywnym animatorem życia muzycznego w swojej miejscowości rodzinnej, gdzie współpracując z lokalnymi władzami, instytucjami kultury, parafiami oraz organizacjami pozarządowymi regularnie organizuje koncerty muzyki sakralnej i świeckiej, upowszechniając w ten sposób i, podtrzymując